MBF系列微生物用发酵罐可采用EPC-2000型中央控制器集成控制，也可采用若干分体式过程控制单元进行控制。
EPC-2000型中央控制器可进行温度、搅拌、PH、DO、消泡的控制及测量。附带的专用软件ESS（EYELA System Software）可进行各种数据的测量及控制，经加工后以图表的形式表示，以快速适应后续加工的需要。可根据需要，改变控制测量系统的构成，增加其它外部装置，实现其它控制测量的目的。
采用分体式过程控制器可对PH、DO、消泡、搅拌进行测量、控制及记录。每种控制器有其专有的控制项目，可根据使用的目的自由选择搭配。各控制器之间通过本公司的EYELA TALK进行温度等数据的共享，随机附带RS-232C接口，可通过计算机进行测量控制。