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全转录组测序

时间 :2017-09-07 来源:百购生物网



       大规模功能基因的发现(无参考基因组的物种)
       转录本结构研究:UTRs区域鉴定、Start codon鉴定、内含子边界鉴定、可变剪切研究
       转录本结构变异研究:融合基因鉴定、cSNP (编码序列单核苷酸多态性)研究
      非编码区域功能研究:鉴定Non-coding RNA,microRNA前体及成熟的microRNA预测
      基因表达水平研究:可以定量检测基因的表达水平(RPKM)
      低丰度新转录本发现


参考文献

F Caiment et al., High-throughput data integration of RNA-miRNA-circRNA reveals novel insights into mechanisms of benzo[a]pyrene-in-
duced carcinogenicity. Nucleic Acids Res. 2015 Mar 11;43(5):2525-34. doi: 10.1093/nar/gkv115
 

全转录组测序揭示苯并芘暴露致肝癌的分子机制

  研究背景
苯并芘(BaP),是一种常见的高活性间接致癌物和突变原。苯并芘释放到大气中以后,总是和大气中各种类型微粒所形成的气溶
胶结合在一起,在8微米以下的可吸入尘粒中,吸入肺部的比率较高,经呼吸道吸入肺部,进入肺泡甚至血液,导致肺癌、肝癌及心血管
疾病。
来自荷兰马斯特里赫特大学的研究者利用全转录组测序的方法分析苯并芘处理肝癌细胞后LncRNA、miRNA、mRNA、circRNA
的变化情况,得到了苯并芘致肝癌可能的化学机制。相关结果发表在2015年Nucleic Acids Res上(IF=9.112)

全转录组测序进行铅诱导的神经元细胞凋亡机制研究

 研究背景
铅(Pb)是一种可以毒害神经系统的有毒重金属。然而,铅诱导的神经毒性机制还不清楚,且几乎没有ncRNA在铅诱导神经毒性
起的作用的相关报道。
来自广州医科大学的研究者利用高通量测序技术在小鼠模型中进行乙酸铅(PbAc)诱导神经毒性试验,推测了相关lncRNA和环
状circRNA的功能。这是目前第一篇研究铅毒性致神经元凋亡方向的lncRNA-circRNA-mRNA网络调控的文章。相关结果发表在2015
年Arch Toxicol上(IF=6.637)

参考文献
Aruo Nan et al., A novel regulatory network among LncRpa, CircRar1, MiR‐671 and apoptotic genes promotes lead‐induced neuronal cell
apoptosis. Arch Toxicol. DOI 10.1007/s00204-016-1837-1.

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