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GeneSoy 600-大豆600K SNP定制芯片

时间 :2017-09-12 来源:未知

大豆是重要的粮食和油料作物。SNP是第三代分子遗传标记,SNP芯片具有价格低、通量高、分析简单等特点,是分子育种 领域的重要工具。中国科学院遗传与发育生物学研究所大豆功能基因组研究课题组与北京博奥晶典生物技术有限公司合作,运用 Affymetrix® Axiom平台联合开发了大豆600K SNP芯片。大豆600K SNP芯片是目前大豆芯片产品中标记密度最高的一款产品。 该芯片较重测序数据分析更加简单方便,为大豆功能基因组的研究、GWAS分析提供了另一个便利的途径。此外,还可用于杂交 群体(F2、DH、RIL等)的高密度遗传连锁图谱的构建,为复杂农艺性状的QTLs定位提供了一款重要工具。 
 
全基因组范围覆盖
600,009个SNP位点从超过1000多万个SNP筛选获得。
标记分布均匀
位于染色体臂区的SNP标记数目为274,502(45.75%),位于染色体近着丝粒区的SNP标记数目为325,507(54.25%)。标记间 平均物理距离为2 Kb/SNP,标记间的物理距离小于3 Kb的数目高达505,675,占芯片所有标记的94.2%。位于基因内的SNP标 记数目高达279,118个。其中,包括122,919(44.04%)个标记位于外显子区;72,462(25.96%)个标记位于内含子区;位于基因上 下游的标记数目为61,465(22.02%)个;位于UTR区的标记数目为22,272(7.98%)个。